Phiên bản Windows Embedded CE 6.0 R2 được Microsoft cung cấp cùng với các gói chứa Platform Builder 6.0 Service Pack 1, Visual Studio 2005 Service Pack 1[3]. Điều này hỗ trợ cho việc tận dụng tiện ích của các tính năng mới là thêm các thành phần này vào việc thiết kế và tái xây dựng hệ thống.

Các tính năng được cải tiến trong phiên bản 6.0 R2 bao gồm:

• Các phần mềm điều khiển thiết bị mới[4].
• Phần mềm dịch vụ đầu cuối (tên tiếng Anh là Terminal Services Client) được cải tiến (cụ thể là Remote Desktop)[5].
• Internet Explorer phiên bản 6.0 cải tiến[5].
• Nâng cấp chức năng VoIP[6].